Первая школа была открыта православным духовенством в 1898 году, в ней было трёхлетнее обучение.
В 1900 году она была преобразована в церковно-приходскую,
а в1907 году - в сельское одноклассное училище, в котором было три отделения: младшее, среднее, старшее.
После 1917 года открыта начальная школа, а затем - семилетняя.
Статус средней (полной) Кестеньгская школа получила только в 1940 году, тогда 10 класс окончили 8 человек.
Во время Великой Отечественной войны посёлок был полностью разрушен.
В начале 50-х годов построено двухэтажное деревянное здание, в котором учились не только жители, но и ребята из ближлежайщих деревень.
Современное здание школы построено в 1977 году.